胚胎干细胞与普通细胞有显著差别，有其特定的生长特性和特定的标志，例如碱性磷酸酶活性非常高，带有胚胎阶段特异性表面抗原( Stage- specific embryonic antigens,SSEA)，(小鼠胚胎细胞)人类胚胎干细胞还带有高分子量的糖蛋白TRA1-60、TRA-1-81等标志，这些特性和标志均可以用于对胚胎干细胞进行鉴定，除此之外，胚胎干细胞还可以在体外长久传代，并保持正常核型。在体外培养体系中加入分化抑制剂如白血病抑制因子( Leukaemia inhibitory factor,LF)或者在(小鼠胚胎细胞)小鼠胚胎成纤维细胞饲养层(MEF)上培养时，胚胎干细胞都能呈克隆性增殖，长期保持核型正常和稳定，冻存解冻也不影响不分化的特性。另外，胚胎干细胞还表现岀高水平端粒酶活性，目前证明端粒酶与细胞衰老密切相关，多数成熟细胞的端粒酶活性都很低。这些都是胚胎干细胞与成熟细胞不同的重要特点，也可能是其复制生命期限远比体细胞长的原因。
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